电视剧《还珠格格》第三部的高潮戏码聚焦在了小燕子的身世之谜，及其与永琪之间的纠葛。小燕子得知自己之所以流落民间，原来与她的父亲被害有着不解之缘，而元凶竟是现任的皇帝。这一秘密不仅被小燕子本人所知，永琪、紫薇和尔康无人不晓，她的胞兄萧剑心中也清楚皇族留下的血泪史，连宫廷中的老佛爷也深知此事。
小燕子虽愿意为了永琪释怀前仇，但每日的亲情对峙让她难免心生波澜。而萧剑对皇室的恨意愈发显露，甚至影响了晴儿对老佛爷的态度。老佛爷心中自有盘算，无法容忍小燕子和萧剑在身边，他们的存在是对她极大的威胁。为了保全皇权，老佛爷开始寻找替代小燕子的人选，在永琪外巡时发现了知画——一个才艺出众、美貌动人的女子。
老佛爷策划了一场阴谋，宫中的龙椅时刻充满了权谋与算计。萧剑被囚，小燕子忍痛请求永琪娶知画，身为兄长的萧剑，成为左右永琪决断的一大牵绊。小燕子的权衡，无不撕扯着她的情感与忠诚。而知画，从一见到永琪便动心，尽管原本寻求的是纯粹的爱情，但在皇宫这个巨大的囚笼中，她不得不为了存活而战。
知画不仅成功引起了小燕子和永琪的同情，更是在关键时刻搏取同情，谎称身中有孕以牵动永琪之心。当永琪的心为知画坠落，小燕子所说的真话，再也不能动摇他为知画挂怀的决心。然而命运的转折之处，往往在最不经意的瞬间——知画的难产让永琪心急如焚，然而她在痛楚中却无法掩盖自己的本性，揭露了操纵与欺骗背后的真相。
永琪心中曾有过秤量过的摇摆，在知画情绪失控，将自己的丑恶暴露于世人面前的那一刻，他意识到自己无法与如此女人共度余生。知画的求情无效，宫中的宠爱旋即变成永词离宫的导火索。而永琪，也在哀愁与怅惘中，与小燕子一同策划了一出生离死别的大戏，带着她远走云南，追寻一片真诚美好的生活。
知画独守空宫，成为了永琪离去前的过客，她在落泪中承诺会变成一个全新的人，但她的幸福结局却已是难以为续的遗憾。最终，永琪与小燕子在云南大理避世幽居，而知画则永远地在等待，等待一份永远不会再来的爱情。这是一个在亲情与爱情交错的宫廷里，真情最终战胜了权谋的故事。
